瞳孔検査は、入力系をみる対光反射と出力系検査の瞳孔不同と近見反応の3つにわかれる。特に対光反射は、視機能を他覚的にベッドサイドで評価できる唯一の検査で視力とともに視覚を評価する最も大切な検査である。
　まず、瞳孔不同の有無から出力系を評価する。瞳孔不同は明室下と暗室下のどちらで大きくなるか、によって瞳孔括約筋か散大筋のどちらの障害か、が決まる。続いて対光反射からRAPDの有無を検査する。RAPDの存在は入力系の障害、特に視神経疾患に特徴的で、視力・視野から眼底へと系統的な検査が必要となる。対光近見反応の解離は、両眼性なら入力路障害をまず除外する。入力路障害がなければ、中脳背側症候群を考える。